Programmet Marin Overvåking er satt i gang for å gi mer kunnskap om næringens helhetlige påvirkning. Kunnskapen benyttes blant annet når Havforskningsinstituttet skal gjøre sin årlige risikovurdering av norsk fiskeoppdrett. Undersøkelsene tas av uavhengige aktører, og alle resultatene er offentlig tilgjengelige på Fiskeridirektoratet sine nettsider.

Marin Overvåking er et prosjekt som overvåker vannkvaliteten i fjordområdene i Rogaland, Hordaland og Nordland. Prosjektet dokumenterer vannkvalitet, bunnforhold og makroalgebiotop (tang og tare) gjennom året på en rekke lokaliteter i de tre fylkene.

Organiske utslipp fra havbruksnæringen påvirker norske fjorder i varierende grad.  For eksempel kan organiske partikler i næringsfattige fjorder være positivt, mens de i næringsrike fjorder kan føre til overgjødsling, som er skadelig for både miljø og fisk. Også andre faktorer spiller inn, som utskiftning av vann og strømforhold.